Пропустить команды ленты
Пропустить до основного контента
SharePoint
Перейти вверх

Skip Navigation Linksizuchenie-virusa

Облако РЭУ им. Г.В. Плеханова вошло в топ из 3 миллионов участников проекта по изучению вируса SARS-CoV-2
24 июля
Научная жизнь

В мае 2020 года, по инициативе научной лаборатории Облачных технологий и аналитики Больших данных РЭУ им. Г.В. Плеханова облачная инфраструктура Университета была включена в работу над изучением вируса SARS-CoV-2 (проект Folding@Home). Облако РЭУ работает в команде с облаком Объединённого Института Ядерных Исследований и другими облаками из стран-участниц проекта.

 

За два месяца облаком РЭУ было выполнено более 2100 задач. Использование ожидающих нагрузки ресурсов позволило ресурсу выйти в рейтинг Топ-100000 из почти 3 000 000 участников, и с каждым днём его позиция в рейтинге улучшается.

 

Понимание структуры белков SARS-CoV-2 крайне важно, поскольку позволяет ускорить открытие новых терапевтических методов лечения. Изучение структуры ведётся в том числе с помощью методов молекулярной динамики, позволяющих исследовать весь спектр состояний, которые принимает белок. Для реализации этих методов требуются значительные вычислительные ресурсы. 

 

Современные наборы данных в основном содержат нескольких микросекунд симуляции одного единственного белка. Некоторые наборы достигают длительности в миллисекунды, но многие процессы в белках происходят на более длительных промежутках времени. Кроме того, симуляция всех белков, связанных с SARS-CoV-2 с длительностью, достаточной для их биологического анализа, требует беспрецедентного масштаба вычислительных ресурсов. 

 

Для решения этой задачи более миллиона людей и организаций по всему миру выступают волонтёрами, предлагая вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения симуляций белков SARS-CoV-2. Работа коллаборации стала возможна благодаря платформе для распределённых вычислений Folding@Home, которая в 2020 году преодолела Экзафлопсный барьер и стала самым большим распределённым суперкомпьютером в мире.

 

Folding@Home – это общество волонтёров, исследователей и организаций, своими интеллектуальными и вычислительными ресурсами помогающими понять динамику белков, их функции и дисфункции, с целью нахождения новых белков и лекарств. Проект основан в 2000 году для изучения сворачивания белка. Тогда симуляция сворачивания даже маленьких белков при использовании одного компьютера, требовала тысячи лет. Для того чтобы справиться с этим вызовом, Folding@Home разделил одну задачу на множество маленьких симуляций – рабочих блоков, которые могут быть выполнены независимо друг от друга.

 

С появлением SARS-CoV-2, Folding@Home сменил фокус. Множество людей и организаций нашли способ действовать совместно. Менее чем за три месяца количество активных вычислительных устройств системе выросло с 30 000 до 1 000 000. В работу включились не только волонтёры, но и организации. NVIDIA, Amazon, CERN, Intel и многие другие смогли выделить свободные ресурсы для задач Folding@Home.

 

Лаборатория Облачных технологий и аналитики Больших данных нашла свое место в этом проекте. В качестве вычислительного ресурса было выбрано облако РЭУ, созданное как гибкий ресурс, способный удовлетворять широкий спектр потребностей связанных с обработкой Больших данных, развёртыванием сервисов, обучением студентов. В облаке РЭУ имелся некоторый запас свободных вычислительных ресурсов. Именно этот запас и было решено использовать в рамках Folding@Home.

 

Со статистикой по работе РЭУ им. Г.В. Плеханова в составе команды Объединенного Института Ядерных Исследований по проекту Folding@Home можно ознакомиться на сайте.